还是进行求学之旅的小智（松本梨喷鼻配音）、小刚（上田祐司配音）、小霞（饭塚雅弓配音）一行展转来到水之都奥多马雷参加垂危刺激的水上比赛。奥多马雷传播着一个出色的传说，在好久好久畴前，岛上的老佳耦捡到一对孤儿兄妹，当邪魔呈现时，两兄妹化作威力强大的奇异宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐赉奥多马雷人平易近名为“心灵水滴”的宝石作为保卫。时至本日，神圣的心灵之滴却引发一对盗贼姐妹（释由美子配音）的垂涎。她们在追踪mm拉帝亚斯（折笠富美子配音）时遭受小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾害……
　　本片为奇异宝贝系列第五部电影剧院版。